Однозначного ответа на вопрос, что именно, Linux или Windows, использовать не существует: для каждой задачи - свой инструмент. Нужно учитывать и то, что среди вычислительных операционных систем, кроме самого Linux, существуют и другие Unix-системы, работающие в окружении как открытого, так и закрытого (проприетарного) программного обеспечения. К последним можно отнести и Mac OS, чье ядро Darwin создано на основе unix-систем NeXTSTEP и FreeBSD, а окружение создано из смеси открытого и закрытого программного обеспечения от Apple.

Некоторые из этих операционных систем лучше чем Linux подходят для определённого узкого спектра задач, каждая - для своего. И именно узконаправленность отдельных таких систем не позволяет им стать достаточно популярными и использоваться везде и повсеместно.

Однако, в силу сложившихся обстоятельств, сегодня операционная система Linux, в составе дистрибутивов с другим открытым программным обеспечением (GNU), по праву занимает достойное место в ряду ОС как для серьёзных вычислительных систем, так и обычных настольных компьютеров (в зависимости от конкретного дистрибутива).

Рассмотрим положительные и отрицательные качества операционных ситем GNU/Linux и Winodws по отдельности, и пусть каждый сделает выбор для себя сам.

Linux

Плюсы:

• Фактическая бесплатность самой операционной системы GNU/Linux и невысокая стоимость её технической поддержки в большинстве случаев, если она требуется;
• Безграничная гибкость: ОС GNU/Linux можно адаптировать под работу с любыми задачами и на любом оборудовании;
• Множество свободно доступных дистрибутивов и вариантов их изданий: LiveCD, комплексные DVD, т.п. и даже возможность создания своего;
• Выбор графических интерфейсов (рабочих столов) GNU/Linux и гибкость их настройки на любой вкус;
• Широчайший выбор открытых бесплатных программ для этой операционной системы;
• Стабильность, защищённость и надёжность ОС GNU/Linux;
• Постоянное развитие открытого программного обеспечения;
• В большинстве случаев значительно меньшая чем у Windows требовательность к физическом ресурсам компьютера.

Минусы:

• Плата за использование GNU/Linux - необходимость некоторого изучения принципов работы компьютера;
• Отсутствие возможности использовать некоторые специализированные профессиональные приложения в этой ОС; *
• Иногда, слишком высокая скорость выхода новых версий некоторых дистрибутивов GNU/Linux;
• Возможная нестабильность работы при использовании неоригинальных для дистрибутива программных пакетов и их версий;
• Отсутствие возможности играть во все выходящие для Windows игры; *
• Отсутствие поддержки некоторого оборудования. *

Windows

Плюсы:

• Простота установки и удаления программ;
• Поддержка львиной доли существующего оборудования для PC;
• Широкий выбор профессионального ПО для персональных рабочих станций;
• Множество игр для Windows;
• Распространённость.
Минусы:
• Непрозрачность принципов работы Windows;
• Негибкость и ненастраиваемость;
• Небезопасность и ненадёжность: острая необходимость использования, платных в т.ч., антивирусов и других программ для удаления вредоносного программного обеспечения;
• Большое количество простых, но платных программ (их доля уменьшается с приходом открытого ПО в Windows);
• Требовательность к ресурсам последних версий Windows и закрытых приложений в целом.

Результат

Нет никакого другого способа выяснить, что понравится больше именно Вам, кроме как установить обе ОС и попробовать пользоваться ими!

Смотрите так же: 
Полезные ссылки
Запуск программ для Winodws в среде Linux с помощью WINE