Существует программа iconv для Linux, входящая в пакет glibs любого дистрибутива, назначение которой - перекодировка текстовых файлов.

Формат вызова программы перекодировки такой:

iconv -f исходная_кодировка -t необходимая_кодировка old_file > new_file

Возможные варианты кодировок можно узнать запустив программу iconv с опцией --list. Например, самая актуальная задача по перекодировке текстового файла выглядит так:

iconv -f CP1251 -t KOI8R cp1251.txt > koi8r.txt